De voetbalvereniging Eemdijk werd op 21 juni 1979 opgericht op initiatief van Willem van de Geest, Evert Hoolwerf en Dolf Veldhuizen, allen afkomstig uit Eemdijk. Men kreeg geen toestemming van de gemeente om de vereniging in Eemdijk te vestigen en is daarom gehuisvest in Bunschoten. De oprichting is eigenlijk ontstaan doordat er tijdens het zomeravondvoetbal, wat jaarlijks werd georganiseerd door een aantal mensen uit Bunschoten - Spakenburg, zeker 2 teams gevormd werden door inwoners uit Eemdijk en die ook enkele keren de hoofdprijs in de wacht sleepten. Vanaf de oprichting, startend met één elftal, is de vereniging doorgegroeid naar 9 seniorenteams, 4 vrijdagavondteams en 14 jeugdteams.

Het eerste elftal begon zijn victorie in de kelder van de KNVB competitie. Na meerdere malen kampioen te zijn geweest in de toenmalige onderafdelingen speelde Eemdijk sinds seizoen 1988-1989 in de Vierde klasse. In het seizoen 1992-1993 werd Eemdijk kampioen in de Vierde klasse D en promoveerde naar de Derde klasse, destijds het op drie na hoogste amateurniveau. Voor een kleine vereniging was dit een tamelijk bijzondere prestatie. Na het seizoen 1994-1995 zijn de resultaten wisselvallig geweest en speelde Eemdijk in seizoen 2001-2002 zelfs in de vierde klasse. In het seizoen 2004-2005 wist Eemdijk kampioen te worden in de vierde klasse.

De jaren erna is de opmars begonnen. In het seizoen 2006-2007 promoveerde Eemdijk via de nacompetitie naar de Tweede klasse. Het verblijf in de Tweede klasse was van korte duur, door rechtstreekse promotie in het seizoen 2009-2010 naar de Eerste klasse. De tweede plaats was toen namelijk goed voor promotie door de versterkte promotieregeling in verband met de invoering van de Topklasse. In het seizoen 2012-2013 wist Eemdijk de derde periode te winnen. De club eindigde uiteindelijk op de 5e plaats, maar wist niet te promoveren via de nacompetitie. In het seizoen 2014-2015 is Eemdijk 2e geworden in de competitie en won de derde periodetitel. Via de nacompetitie promoveerde VV Eemdijk naar de Hoofdklasse. Na 3 jaar in de Hoofdklasse gespeeld te hebben zijn ze in het seizoen 2017-2018 kampioen geworden waarna de promotie naar de Derde divisie behaald is. Na een slecht begin in de Derde divisie lukte het de club toch om rechtstreekse degradatie te voorkomen en zelfs om zich bijna te handhaven. Uiteindelijk degradeerde ze alsnog via de nacompetitie en komt het in het seizoen 2019/20 uit in de Hoofdklasse. Eemdijk mocht in het seizoen 2018/2019 voor het eerst in haar historie deelnemen aan de kwalificatie voor de KNVB Beker en wist het hoofdtoernooi te bereiken, maar daarin werd het uitgeschakeld door ASWH.

Na de degradatie volgden 3 seizoenen in de hoofdklasse/4^e divisie. In 2022 was Eemdijk dichtbij promotie naar de Derde divisie. In de nacompetitie werd echter op dramatische wijze verloren van VVOG door 2 keer een 2-0 voorsprong weg te geven in het laatste kwartier.

In 2023 kwam die promotie alsnog en daar was geen nacompetitie voor nodig. Eemdijk werd met grote overmacht kampioen in de Vierde divisie. Tevens werd de districtsbeker gewonnen. In Soest speelden Eemdijk en Scherpenzeel een fantastische finale die door Eemdijk met 6-3 werd gewonnen.

In het seizoen 2023-2024 mag Eemdijk het opnieuw proberen in de Derde divisie en zal dit seizoen 2 keer de derby gaan spelen tegen IJsselmeervogels. Hadden de cluboprichters dat in 1979 ooit voor mogelijk gehouden?